Şeyhi Ali Haydar Efendi'nin vefatıyla Mahmud Efendi Hazretleri'nin hayatında yeni bir merhale başlamış oldu. Bir taraftan imamlık yaparak cemaatle, bir taraftan talebe okutmakla, diğer bir taraftan da Ali Haydar Efendi Hazretleri'nin vasiyeti vechile tarikat ehli ihvanı irşâd ile meşgul oluyordu.

İmamlık yaptığı İsmailağa Câmii'ni hem tekke hem medrese hem de emr-i bi'l-mâruf ve nehy-i ani'l-münker merkezi olarak kullanıyordu. Osmanlı medreselerinde takib edilen usul üzere daha askere gitmeden önce memleketinde birçok talebe okutmuş ve birçok kimselere icazet vermiş olan Mahmud Efendi Hazretleri'nden İstanbul'da da birçok imam, vâiz ve müftü ders aldı.

Kendisi daima insanları ilme, amele ve ihlasa teşvik etti. O zamanlarda ilim okumak ve okutmak hele ki sünnet-i seniyyeden taviz vermeden bu işi yapmak hiç de kolay değildi.

Köylerde cenazeleri kaldıracak, ramazanlarda teravih kıldıracak ve mukabele okuyacak kişileri bulmak bile zor hale gelmişti. Avam halk Kur'ân-ı Kerîm'i okuyamaz, namaz kılmayı bilemez, dînî vecîbelerden bîhaber ve dahî îman şartlarını sayamaz ve kelime-i şehâdeti bile telaffuz edemez hale gelmişti.

On sekiz sene ezân-ı Muhammedî Türkçe okutulmuş, Arapça okuyanlar takibe uğrayıp cezalandırılmıştı. Din adamları ve mütedeyyin insanlar basın-yayın organları kullanılarak kötülenmiş, iftiralar atılarak halkın nazarından düşürülmeye çalışılmıştı ve bu işte oldukça mesafe de kat edilmişti.

Sakallılar, sarıklılar papaz diye yaftalanmış, çarşaflılar öcü gösterilmiş ve hatta fahişe ithamlarına hedef kılınmışlardı. Bu maksatla nice filmler, tiyatrolar ve piyesler düzenlenmişti. Bu iş meydanlarda çarşaf çıkarma merasimleri icra etmeye kadar varmıştı. İlkokuldan itibaren çocuklar bu telkinlerle büyütülmeye başlanmıştı. İnsanlar körü körüne Avrupa'yı taklit etmeye teşvik edilmiş ve bu hususta bütün ölçüler ayakaltına alınarak her türlü rezalet açıktan işlenir hale gelmişti.

Dînî ilimleri içeren kitaplar bir yana Kur'ân-ı Kerîm okumak bile yasaklanmıştı. Bu şartlar altında dînini öğrenmek isteyenler dağlarda, mağaralarda, ahırlarda ve mezarlıklarda köşe bucak kaçarak, dışarılara nöbetçiler bırakarak ders okumaya çalışıyorlardı.

Kur'ân-ı Kerîm'i Arapçasından okuyabilmenin bile ulaşılması çok zor bir iş olduğu bu ağır şartlar içerisinde Mahmud Efendi Hazretleri'nin kırk-elli senelik kısa bir zaman zarfında erkekli kadınlı binlerce hoca, on binlerce talebe yetiştirmesinin ve milyonlarla ifade edilen sakallı erkeklerin ve çarşaflı kadınların yetişmesine sebep olmasının her türlü takdirin fevkınde bir hizmet olduğu âşikardır.

On beş-on altı yaşlarındaki gençlerin sakallarına jilet vurmaması, sarık, şalvar, cübbe giymeleri, hafızlık yapmaları ve Kur'ân ilimlerini tahsil etmeleri, genç kızların çarşaf giymeleri ve küçük yaşlarda Kur'ân'ın manasını anlayacak seviyeye ulaşmaları hiç şüphesiz büyük bir gayretin ve yüce bir mânevî tasarrufun eseridir.
Mahmud Efendi Hazretleri hemen hemen bütün illeri, kasabaları ve binlerce köyü gezerek emr-i bi'l-mâruf ve nehy-i ani'l-münker yaparken daima insanları ilim öğrenmeye çağırıp durdu. Kendisine "Bir emriniz, bir arzunuz var mı?" diye soranlara "Her mahalleye bir kız bir erkek medresesi yapın" diye cevap verirdi.

Kendisinin ilme teşvik babındaki bazı sözleri şöyledir:

"Ey talebeler! Sizler, kurumuş toprakların yağmur yüklü bulutları, direksiz kubbenin direklerisiniz."

"Ömrümden üç nefesim kalsa size okuyun, okuyun, okuyun derim."

"Sizin yerinizde olsam bu sabah kahvaltı yapmadan ilme başlardım."